Ercole miał ten wyrok w Ferrarze wykonać, ale Renata wszelkich starań dołożyła, aby w imię miłości chrześcijańskiej uwolnić tego biedaka, którego rodzina w największą popadła nędzę. Na prośby księżnej Ercole ściągał jakiś czas wykonanie strasznego wyroku, ale musiał wreszcie ustąpić przed bardzo stanowczym naleganiem inkwizycji. Renata bawiła wówczas w jednym z zamków swych poza Ferrarą, gdy się wszakże dowiedziała, że wyrok na Fanniu ma być spełniony, przyjechała do miasta i ponownie błagała księcia o wstrzymanie egzekucji. Ercole był jednak bezwładnym wobec nakazu inkwizycji, zmienił tylko wyrok trybunału o tyle, że kazał Fannia w więzieniu udusić i ciało wrzucić do Padu. Gdy skazańcowi chciano przed wykonaniem wyroku dać krzyż do ręki, odpowiedział spokojnie, że nosząc żywego Chrystusa w sercu nie wiedziałby, co począć z Chrystusem z drzewa.
Niespełna w rok później, 23 maja 1551, powieszono na oknie książęcego pałacu Dominika Giorgio, księdza z Sycylii, podejrzanego o herezję Równocześnie skazała inkwizycja Ludwika Domenichi we Florencji na dziesięć lat więzienia, ponieważ przetłumaczył na włoski język książkę Kalwina Nicomediana. Kalwin udał się wtedy do Renaty, aby się za Domenichim wstawiła do Cosima Medyceusza, co też księżna zaraz uczyniła kładąc w liście nacisk na to, że pisze na prośbę człowieka, którego by bardzo rada zadowolnić.
Mimo więc donosów inkwizytorskich i listów z Rzymu, Renata, gdzie mogła, ujmowała się za zwolennikami reformy, a nadto bezustannie wspierała ich pieniężnymi datkami.
Ciągłe spory pomiędzy Ercolem a Renatą z powodów religijnych i coraz bardziej wskutek tego zamierające życie na ferraryjskim dworze działało przygnębiająco na Don Alfonsa, najstarszego syna księstwa, młodzieńca pełnego energii, pragnącego czynów i sławy. Nie mógł on cierpieć do tego stopnia gnuśnego życia, że raczej gotów był walczyć pod rozkazami sułtana aniżeli dalej siedzieć bezczynnie w Ferrarze. Młody książę pragnął udać się do Francji, gdzie by miał szersze pole do odznaczenia się w wojsku, ale ojciec nie dał sobie nawet wspomnieć o tym zamiarze, gdyż Alfonso, służąc we Francji, musiałby walczyć przeciw cesarzowi, co by Ercola, jako sprzymierzeńca cesarskiego, w najtrudniejsze wprowadziło położenie. Don Alfonso postanowił więc, mimo woli ojca, zamiar swój do skutku doprowadzić, a zabrawszy ze sobą piętnastu ludzi zaufanych, pomiędzy którymi byli płatnerz i golarz, uciekł z domu w maju roku 1552 pod pozorem, że się wybiera na polowanie. Książę wysłał za nim pogoń, ale Alfonso był już daleko ze swoją drużyną, i książęcy ludzie wrócili z niczym do Ferrary. W gniewie musiał się Ercole
zadowolić tym, że kazał in effigie powiesić za nogi przyjaciela swego syna, Giovanniego Lavezzuolę, który Alfonsowi głównie pomógł do wydobycia się z Ferrary, ale był bezsilnym wobec młodzieńca, mogącego liczyć na najlepsze przyjęcie we Francji. Tasso miał na myśli tę ucieczkę, pisząc w swej Jerozolimie wyzwolonej o „fudze" młodego Rinalda:
Nobilissima fuga, e che l'imiti
Ben degna alcun magnanimo nipote.
Henryk II przyjął młodzieńca z oznakami wielkiej życzliwości i oddał mu zaraz dowództwo małego oddziału rycerstwa, ale mimo to nie mógł się Ercole uspokoić i rozpoczął dyplomatyczne rokowanie z dworem francuskim, aby syna skłoniono do powrotu; pocieszał się jednak, że Alfonso wróci, gdy mu zabraknie pieniędzy. Tymczasem jednak brał Alfons, ku wielkiemu zmartwieniu ojca, udział w wojnie Francji przeciw cesarstwu i odznaczył się niezrównaną walecznością. Podczas oblężenia jakiejś twierdzy podszedł Alfanso z kilkoma dzielnymi towarzyszami na otwarty pagórek, gdzie go mogły dosięgnąć nieprzyjacielskie pociski, położył się na trawie i opowiadał przyjaciołom jakieś miłosne historie. Widocznie cesarska artyleria nie umiała jeszcze dobrze strzelać, skoro się owym zuchom
udało wyjść zdrowo z tej niebezpiecznej pogadanki.
Stary Ercole był człowiekiem praktycznym, przewidywania jego, że syn wróci, gdy mu pieniędzy zabraknie, spełniły się prędzej, aniżeli przypuszczał. Młody książę przybył w jesieni 1554 roku do Ferrary, nie mając już nigdzie kredytu, zdał się na łaskę ojca, ale z towarzyszami swej ucieczki postąpił szlachetnie, gdyż wymógł dla nich u księcia zupełne przebaczenie.
Powrót najstarszego syna bynajmniej nie polepszył stosunków pomiędzy rodzicami, a Renata coraz to otwarciej przyznawała się do nauk Kalwina. Gdy jeden z jej najulubieńszych i najbardziej przywiązanych służących, Hipolit Putti, umierał, a książę kazał do niego przywołać kapłana z ostatnim sakramentem, Renata stanowczo oparła się temu i wywołała bardzo gorszące zajście. Obawy księcia co do postępowania księżnej jeszcze bardziej się wzmogły, gdy zauważył, że Renata chce wychować obydwie córki w kalwińskiej wierze, a gdy jej z tego powodu robił wyrzuty i groził, że jej córki odbierze, wybuchła płaczem i odpowiedziała, że nie jest w stanie wszczepiać w dzieci zasady, które uważa za fałszywe. Kiedy innym razem posłał kapelana, aby odprawił mszę w jej komnatach, Renata „wypędziła księdza jak diabła". Ze swoich przekonań bynajmniej już nie robiła tajemnicy, ale w rozmowach z ludźmi, którzy u niej bywali, powtarzała niejednokrotnie, że religia katolicka jest bałwochwalczą i że
w jej przykazania nie wierzy. Równocześnie coraz więcej wydawała pieniędzy na wspieranie hugonotów, do Kalwina ciągle pisywała, a nawet prosiła go, aby jej polecił dla córek dwie nauczycielki, „wychowane w bojaźni i miłości Boga, czyste w życiu i słowach, mogące być dobrym przykładem i lubiące spokój". Swój ideał nauczycielski tak szczegółowo opisywała Kalwinowi, że nawet o stroju tych pań, które jej ze Szwajcarii przysłać miano, nie przepomniała. Nie będą one potrzebowały, pisała, dużo wydawać na suknie, wystarczy zupełnie, aby nosiły ubranie z wełnianej, czarnej materii, podobne do wdowiego stroju, avec le chaperon d'oreilles. List ten, posłany do Kalwina tajemną pocztą, musiał Ercole przejąć i kazał z niego zrobić odpis, gdyż kopia znajduje się w esteńskim archiwum. Renata popełniła nieostrożność powierzając swą korespondencję kupcowi, Żydowi z Ferrary, który ją dalej przesyłał do Genewy Kupiec ten bowiem tylko niektóre listy doręczał adresatom, aby nie utracić zaufania swej klientki, resztę zaś oddawał Ercolowi, który kazał sporządzać z nich odpisy, aby w razie potrzeby mieć w ręku broń przeciwko żonie.
Jezuici, a przede wszystkim sam Loyola, nie był zadowolony ze stosunków ferraryjskich, potrzebując zaś o. Jaya gdzie indziej, a mianowicie w Niemczech, przysłał do Ferrary najprzód o. Broeta, następnie Lepelletiera, co Ercolowi bardzo było nie na rękę, gdyż do Jaya wielkie miał zaufanie. Lepelletier nie zasypiał także sprawy i napierał na księcia, aby najsurowszymi środkami działał przeciwko heretykom. Z jego też porady wydał Ercole rozporządzenie wydalające z państwa wszystkich podejrzanych o herezję, pomiędzy którymi było także kilku służących Renaty. To wszystko nie zaspakajało Loyoli, nie mógł on tego zrozumieć, aby Lepelletier wraz z kilkoma towarzyszami nie zdołał pozyskać na Renatę pożądanego wpływu. Napisał więc z tego powodu do Lepelletiera dość gwałtowny list, a od ferraryjskich jezuitów zażądał, aby w zapieczętowanych listach wyrazili mu swoje zdanie o postępowaniu swego przełożonego. Lepelletier tłumaczył się dziwnym uporem Renaty i kobiet ją otaczających, skarżył się, że te czarownice zawarły formalne przymierze z diabłami, że to oczywiste fornicatio cum Daemonibus i dopiero w roku 1553 zdołał jedną z dam dworu, i to z pomocą jej męża, nawrócić. Renaty jednak przekonać nie mógł.
Owszem, księżna coraz bardziej rozżalona, że jej wydalają ulubionych dworzan, opuściła Ferrarę i wyjechała do Consandolo, gdzie nie ulegała ciągłej kontroli, mogła żyć swobodniej i łatwiej pisywać do Kalwina. Ale książę i tam rozciągnął nad nią swoją opiekę, a wiadomości, które stamtąd otrzymywał, były bardzo niepokojące, gdyż Renata nie
ograniczała się już do wpływania w duchu herezji na swych dworzan, ale co gorsza, zaczęła szerzyć reformę pomiędzy ludnością pobliskiego miasteczka Argenty.
Cierpliwość Ercola przebrała się w końcu. W obszernym liście donosi więc Henrykowi II, że Renata, w dziwnym swym uporze, grzeszy przeciw Bogu i okrywa infamią dom Estów, że jej w żaden sposób nie można wybić z głowy „heretyckich fantazyj" i że nawet w Boże Narodzenie nie chciała iść do kościoła. Książę porównywa swoje cierpienia z tego powodu do cierpień Joba i prosi króla, aby wysłał do Renaty wykształconego kapłana, pełnego energii, który by ją przekonał o szkodliwości nowatorskich zasad i nawrócił na drogę prawdy. W odpowiedzi na to Henryk wystosował bardzo stanowcze pismo do Renaty, w którym oświadczał, że jeżeli dalej brnąć będzie w herezji, to nie może więcej liczyć na jego opiekę, i posłał jej najzawziętszego z francuskich inkwizytorów, Mateusza Ory, który od lat dwudziestu był biczem na reformatorów. Ory miał pełnomocnictwo od króla, aby postępował z księżną z bezwzględną surowością, a gdyby „nie zdołał sprowadzić jej do trzody Jezusa Chrystusa", był upoważniony zagrozić jej konfiskatą dóbr, które posiadała we Francji, usunięciem córek spod jej opieki i oddaleniem francuskiej służby. Gdy się książę de Guise dowiedział o tym surowym zarządzeniu królewskim, wysłał do Renaty swego zaufanego, aby pokrzyżować działanie Orego. Wybrał do tej misji poetę Jameta, który za czasów, kiedy był sekretarzem Ercola, niczym się księciu nie naraził, nie miał opinii heretyka, a przecież w duchu szczerze wyznawał nauki Kalwina. Jamet wstąpił po drodze do Genewy, do mistrza, aby jeszcze od niego zasięgnąć rady co do postępowania z Renatą.
Tymczasem Ory, z pomocą jezuity Jaya, wszelkich sił dokładał, aby zmienić przekonania Renaty, ale i Kalwin nie zasypiał sprawy, nie bardzo zaś ufając zręczności Jameta, wysłał czym prędzej do Ferrary najdzielniejszego człowieka, jakiego miał w swoich szeregach, Franciszka de Morel, zwanego także de Colaonges. Poseł Kalwina przybył do Ferrary pod przybranym nazwiskiem, a chociaż potajemnie widywał się z księżną, Ercole przecież się o tych schadzkach dowiedział i widząc zawziętość Renaty w utrzymywaniu stosunków z heretykami, odebrał spod jej opieki córki i oddał je do klasztoru Corpus Domini, którego przełożoną była siostra księcia, Eleonora d'Este. Zarazem oddalił Ercole służbę francuską Renaty i jej panny dworu pozostawiając przy niej tylko kilka zupełnie zaufanych osób. Renata przyjęła wszystkie te ciosy zupełnie spokojnie, ale też i ze stanowczością odrzucała wszelkie namowy inkwizytora, aby porzuciła kalwińską wiarę. Zniecierpliwiony Ory uciekł się do
ostatecznego środka, o którym Henryk II zapewne nie myślał, i wniósł przeciw Renacie oskarżenie do trybunału inkwizycji. Trybunał zebrał się w Ferrarze, przewodniczył mu biskup Rosetti, a sędziami byli biskup Lodeve i Lepelletier, rektor kolegium jezuitów. Oskarżyciel Ory zarzucał Renacie, że wyznaje kalwińską herezję, że nie chce chodzić na mszę, że przeczy skuteczności sakramentów, że się nie spowiada i nie wierzy w Przemienienie Pańskie. Ze względu na króla Francji i na Ercola trybunał okazał się bardzo łagodnym, nie skazał Renaty na śmierć, ale tylko na dożywotnie więzienie, tudzież na konfiskatę wszystkich jej dóbr ziemskich. Bibliotekę księżny, w której znajdowały się setki książek zakazanych, kazano spalić, na jej służbę miano nałożyć najsroższe kary, ale dwudziestu czterech najbardziej winnych służących nie czekało na wyrok, lecz cichaczem uciekło.
Renata przyjęła wyrok z najzupełniejszym spokojem i nie okazała najmniejszej bojaźni. Siódmego września, nazajutrz po wydaniu wyroku, zajechała co świt karoca przed jej pałac i pod eskortą biskupa Rosettiego i dawnego ambasadora ferraryjskiego w Rzymie, Ruggierego, odwieziono księżnę do starego zamku, który już od dawna nie służył za mieszkanie, ale za więzienie. Umieszczono Renatę w pokojach, w których mieszkała jako młoda małżonka zaraz po przyjeździe z Francji, przed drzwiami postawiono straż i dano jej tylko dwie zaufane kobiety do usługi. Nadspodziewanie jednak zaszły za tydzień zdarzenia, których sobie wówczas nie umiano wytłumaczyć. Renata opuściła więzienie, a wielki inkwizytor francuski Ory niezwłocznie wyjechał z Ferrary. Z oskarżyciela stał się oskarżonym, gdyż Renata, doprowadzona do ostateczności, przedłożyła na swoją obronę owo brewe Pawła III, w którym papież wyraźnie pozwolił jej użyć nawet siły przeciw każdemu, kto by ją posądził o herezję. Na mocy tego brewe ulegał Ory klątwie, a Renata była upoważnioną wezwać swego męża, aby go wtrącił do więzienia. Francuski monsignor uznał więc za najmądrzejsze czym prędzej plac boju opuścić. Renata w bardzo zręczny sposób zemściła się na swoich nieprzyjaciołach.
Wskutek tego brewe, o którym, jak się zdaje, sam Ercole nie wiedział, zmieniło się i jego stanowisko wobec księżny, nie można było walczyć z nią siłą, trzeba było próbować zgody dobrocią. Ercole obrał też tę drogę i w kilka dni przyszło do skutku przynajmniej pozorne porozumienie. Ze względu na polityczny stosunek księcia do kurii rzymskiej, ze względu nareszcie na przyszłość dzieci, Renata chwilowo ustąpiła, postanowiła zachowywać formy religijne, przepisane obrządkami Kościoła katolickiego, a nawet, pod wrażeniem tego zbliżenia się do męża, wyspowiadała się przed księdzem Lepelletier i przyjęła komunię. Wywdzięczając
się za ten zwrot w jej zachowaniu się oddał Ercole znowu córki pod jej opiekę i dwór urządził na dawniejszy sposób.
Ojciec Lepelletier triumfował, głosił o cudownym nawróceniu Renaty i doniósł o tym nadzwyczajnym wypadku Ignacemu Loyoli, ale Ercole znał lepiej swą żonę aniżeli jej spowiednik i wiedział, że księżna w duchu została kalwinką i że chwilowo tylko nagięła się do konieczności. Niedowierzanie Ercola posuwało się nawet tak daleko, że nie chciał jej wydawać klejnotów, aby ich nie sprzedała i nie posyłała wsparcia heretykom, a na straży jej sumienia postawił dwóch jezuitów, jednego jako spowiednika, drugiego jako kapelana. Ci duchowni stróże musieli niebawem spostrzec, że ich triumf był przedwczesny i, jak się zdaje, donosili w tej mierze prawdę do Rzymu, gdyż nowy papież, Paweł IV, ów straszny Caraffa, posyłając swego audytora, Rotę, do Ferrary, polecił mu, aby nie odwiedził Renaty.
Cokolwiek bądź, Kalwin i sekciarze zaniepokoili się wiadomością, że Renata wróciła na łono Kościoła katolickiego, a nawet Olimpia Morata pisała wówczas w jednym ze swych listów, „że zdaniem jej Renata zawsze była lekką głową", ale księżna wkrótce się o to postarała, aby ją Kalwin nie posądzał o odstępstwo. Listy pomiędzy Ferrarą a Genewą krążyły znowu jak dawniej, a nawet Kalwin, chcąc Renatę utwierdzić w swoich zasadach, posłał do Ferrary jednego z najoryginalniejszych apostołów reformy, Galeasa de Vico. Galeas pochodził z arystokratycznej rodziny w Neapolu, żył przed laty w dostatkach, miał żonę i dzieci, gdy jednak zaczął słuchać kazań Valdesa i Ochina, porzucił familię, zrzekł się majątku i pojechał do Genewy, do Kalwina. Odtąd stał się gorącym krzewicielem reformy: ubogi, wynędzniały pielgrzymował po Szwajcarii, po Flandrii, po Włoszech północnych, rozszerzając nauki swego mistrza. W wielkiej tajemnicy, zapewne pod przybranym nazwiskiem, przybył do Ferrary, widywał się z Renatą, a nawet gdy wyjeżdżał, odesłała go księżna do granicy własną karocą.
Inkwizycja miała dużo do czynienia, niemało spłonęło stosów, zanim Ferrara, a osobliwie Modena, stały się mniej „podejrzanymi". Jeszcze za Alfonsa w r. 1565 spalono w Modenie trzynaście osób, mężczyzn i kobiet. Paweł IV rozkazał władzom duchownym w Ferrarze, aby z pomocą świeckich urzędów zbierano materiał, na podstawie którego można by wytoczyć proces wszystkim podejrzanym o sprzyjanie naukom heretyckim, choćby należeli do klas najwyższych tamtejszego społeczeństwa. Aby tym pewniej dojść do potrzebnych wiadomości o „zarażonych herezją", zalecała kuria rzymska używanie tortur w razie potrzeby. Inkwizycja płaciła hojnie donosicielom, a jednym z głównych jej tajnych